Voir la source de Occupation française de Malte

=== Campagne d'Égypte ===
{{Article connexe|Campagne d'Égypte}}
C'est le [[Directoire]] qui décide du sort de l'[[ordre de Saint-Jean de Jérusalem]] et de [[Malte]] en même temps que de la [[campagne d'Égypte]]. Les directeurs font appel au général [[Napoléon Ier|Bonaparte]], déjà auréolé de succès, notamment grâce à la [[Campagne d'Italie (1796-1797)|première campagne d'Italie]]. Le but de l'expédition est de gêner la puissance commerciale britannique, pour laquelle l'[[Égypte]] est une pièce importante sur la route des [[Indes orientales]]. L'Égypte est alors une province de l'[[empire ottoman]] soumise aux dissensions des [[mamelouk]]s, elle échappe au contrôle étroit du [[sultan]].

En France, la mode égyptienne bat son plein : les intellectuels pensent que l'Égypte est le berceau de la civilisation occidentale et que la France se devait d'apporter les ''[[Lumières (philosophie)|Lumières]]'' au peuple égyptien. Enfin, les négociants français installés sur le [[Nil]] se plaignent des tracasseries causées par les mamelouks.

{{nb|40000 hommes}} de troupes de terre et {{nb|10000 marins}} sont réunis dans les ports de la [[Mer Méditerranée|Méditerranée]] et un armement immense se prépare à [[Toulon]] : treize [[Navire de ligne|vaisseaux de ligne]], quatorze [[Frégate (navire)|frégates]], quatre cents bâtiments sont équipés pour le transport de cette nombreuse armée. La grande flotte de Toulon avait reçu la participation des escadres de [[Gênes]], de [[Civitavecchia]] et de [[Bastia]] ; elle est commandée par l'amiral [[François Paul de Brueys d'Aigalliers|Brueys]] et les contre-amiraux [[Pierre Charles Silvestre de Villeneuve|Villeneuve]], [[Armand Blanquet du Chayla|du Chayla]], [[Denis Decrès|Decrès]] et [[Honoré Joseph Antoine Ganteaume|Ganteaume]].

Le général en chef Bonaparte a sous ses ordres [[Thomas Alexandre Dumas|Dumas]], [[Jean-Baptiste Kléber|Kléber]], [[Louis Charles Antoine Desaix|Desaix]], [[Louis-Alexandre Berthier|Berthier]], [[Louis Marie Maximilien de Caffarelli du Falga|Caffarelli]], [[Jean Lannes|Lannes]], [[François-Étienne Damas|Damas]], [[Joachim Murat|Murat]], [[Antoine François Andréossy|Andréossy]], [[Augustin-Daniel Belliard|Belliard]], [[Jacques de Menou de Boussay|Menou]] et [[Józef Zajączek|Zajaczek]], etc. Parmi ses aides de camp il a son frère [[Louis Bonaparte]], [[Jean-Andoche Junot|Junot]], [[Géraud Christophe Michel Duroc|Duroc]], [[Eugène de Beauharnais]], [[Thomas Prosper Jullien]], le noble polonais [[Joseph Sulkowski|Sulkowski]]. L'accompagne aussi le mathématicien [[Gaspard Monge]].

Bonaparte arrive à Toulon le {{date-|9 mai 1798}}. Il loge chez l'ordonnateur [[Benoît Georges de Najac]], chargé de préparer la flotte avec [[Jean Gaspard de Vence|Vence]]. Dix jours après, au moment de s'embarquer, s'adressant particulièrement à ses braves de l'armée d'Italie, il leur dit : 
{{Citation|Je promets à chaque soldat qu'au retour de cette expédition, il aura à sa disposition de quoi acheter six [[arpent]]s de terre}}.