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=== Militantisme, importance des études post-coloniales et des études de genre ===
Dans les années 2000 et 2010, plusieurs manifestations et occupations de l'université occasionnent d'« importantes dégradations »<ref>[https://www.lemonde.fr/societe/article/2010/11/03/l-universite-lyon-2-touchee-par-d-importantes-degradations_1434796_3224.html L'université Lyon-II touchée par d'"importantes dégradations"], lemonde.fr, 3 novembre 2010</ref>. En 2010, [[Valérie Pécresse]], alors [[Ministère de l'Enseignement supérieur (France)|ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche]] sous le [[Présidence de Nicolas Sarkozy|quinquennat]] de [[Nicolas Sarkozy]], condamne les actes de dégradation commis au sein de l'université<ref>[https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid53812/valerie-pecresse-condamne-les-actes-de-degradation-commis-a-l-universite-de-lyon-ii.html Valérie Pécresse condamne les actes de dégradation commis à l'université de Lyon II], enseignementsup-recherche.gouv.fr, 3 novembre 2010</ref>.

En 2013, après que de violents incidents (perturbation du Congrès exceptionnel par une centaine d’étudiants, dégradation du matériel, intervention des forces de l'ordre, violences et arrestations de 6 personnes) se sont déroulés au sein de l'université, un enseignant-chercheur de Lyon 2 rappelle le poids de l’[[extrême gauche]] au sein de cette institution. Selon lui, « une telle présence de l’extrême gauche qui a su s’adapter et se renouveler ces dernières années, sous des formes syndicales (FSE) ou politiques (Parti de Gauche et Union des étudiants communistes), paraît tout à fait spécifique dans le paysage universitaire français. ». Néanmoins, il invite à ne pas surévaluer au regard des {{nombre|28000|étudiants}} de Lyon 2, l'importance « d’une centaine d’étudiants politisés »<ref>[https://www.rue89lyon.fr/2013/11/26/quelle-place-de-lextreme-gauche-au-sein-de-luniversite-lyon-2/ Quelle place de l’extrême gauche au sein de l’université Lyon 2 ?], rue89lyon.fr, 26 novembre 2013</ref>. Six étudiants seront poursuivis pour violences et dégradations<ref>[https://www.leprogres.fr/rhone/2013/11/23/lyon-2-six-etudiants-poursuivis-pour-violences-et-degradations six étudiants poursuivis pour violences et dégradations], leprogres.fr, 23 novembre 2013</ref>.

En 2017, en raison d'une polémique grandissant sur internet, l’université Lyon 2 doit annuler un colloque sur l’[[islamophobie]]. La [[Licra]] et le [[Comité Laïcité République]] (CLR) avaient dénoncé dans un communiqué commun « un colloque laïcophobe », le cofondateur du Printemps républicain, le politologue Laurent Bouvet, parlant dans un tweet de « colloque plein d'intervenants islamistes sous couvert académique »<ref>[https://www.20minutes.fr/lyon/2144547-20171004-face-polemique-universite-lyon-2-annule-colloque-islamophobie Face à la polémique, l’université Lyon 2 annule un colloque sur l’islamophobie], 20minutes.fr, 4 octobre 2017</ref>.

À partir de 2018<ref name="Aron201811">Matthieu Aron, [https://www.nouvelobs.com/societe/20181130.OBS6347/les-decoloniaux-a-l-assaut-des-universites.html Les "décoloniaux" à l'assaut des universités], nouvelobs.com, 30 novembre 2018</ref> et, à nouveau, en 2019, alors qu'un étudiant dénonce « une obsession pour les questions de genre et de race », plusieurs titres de presse mettent en avant la place prise au sein de cette université par les [[études post-coloniales]] ou les [[études de genre]]<ref>[[Benoît Rayski]], [https://atlantico.fr/article/decryptage/voici-comment-lyon-ii-est-devenu-le-laboratoire-de-la-haine-decoloniale-benoit-rayski Voici comment Lyon II est devenu le laboratoire de la haine décoloniale], atlantico.fr, 23 septembre 2019</ref>{{,}}<ref>Marie-Amélie Lombard-Latune, [https://www.lopinion.fr/edition/politique/decolonialisme-a-l-universite-resistance-s-organise-225579 Décolonialisme: à l’université, la résistance s’organise], lopinion.fr, 6 octobre 2020</ref>. Paul Sugy dans ''le Figaro'' dénonce l’idéologie « omniprésente », le directeur de l’UFR d’Anthropologie, Sociologie et Science politique n'hésitant « à prendre publiquement position, encourageant ainsi ses étudiants à aller manifester devant la préfecture pour réclamer «l’accompagnement des migrant.es» [''sic''] »<ref>Paul Sugy, [https://www.lefigaro.fr/vox/societe/a-lyon-2-un-etudiant-denonce-une-obsession-pour-les-questions-de-genre-et-de-race-20190920 À Lyon 2, un étudiant dénonce une obsession pour les questions de genre et de race]</ref>{{,}}<ref>Guilhem Carayon, [https://www.causeur.fr/les-theses-decolonialistes-infiltrent-les-universites-francaises-166194 Les thèses «décolonialistes» infiltrent les universités françaises], causeur.fr, 24 septembre 2019</ref>. L'Obs s'interroge sur l'intitulé d'un devoir portant le titre « Le féminisme islamique » sur lequel doivent travailler les étudiants en sociologie et science politique dans le cadre d'un cours consacré aux « mouvements sociaux dans les États postcoloniaux » et sur le fait de mettre en avant le livre de [[Zahra Ali]] ''Féminismes islamiques'', chercheuse à l'EHESS et à l'Institut français du Proche-Orient qui « milite en faveur du port du foulard »<ref name="Aron201811"/>. Dans un article intitulé « l'université kidnappée (avec son consentement) par les [[Indigènes de la République|indigénistes]] », Yves Mamou soutient que « pas un trimestre non plus ne passe sans qu’un pompeux colloque d’études décoloniales soit organisé à l’université Lyon-II »<ref>Yves Mamou, [https://www.revuedesdeuxmondes.fr/wp-content/uploads/2019/04/Luniversite-kidnappee.pdf L'université kidnappée (avec son consentement) par les indigénistes], revuedesdeuxmondes.fr, mai 2019</ref>.

Selon ''Rue89Lyon'', l'université Lyon 2 serait « réputée pour son ancrage à gauche et sa tradition militante. » En septembre 2019, le quotidien local ''[[Le Progrès (Lyon)|Le Progrès]]'' consacrait ainsi sa Une à de potentielles « dérives sectaires » à l’université, et en particulier dans celle de Lyon 2. Cette accusation d'« islamo-gauchisme » est jugée « ridicule » par [[Françoise Lantheaume]], spécialiste de la transmission de la mémoire coloniale, professeure en Sciences de l’éducation à Lyon 2<ref>[https://www.rue89lyon.fr/2020/11/29/lyon-2-est-elle-une-universite-gangrenee-par-lislamo-gauchisme/ Lyon 2 est-elle une université « ravagée par l’islamo-gauchisme » ?], rue89lyon.fr, 29 novembre 2020</ref>.

[[Fichier:Grand amphitheatre universite lyon 2.jpg|thumb|Grand amphithéâtre de l'Université Lyon-II.]]